新疆農業科學院創立于1955年，是自治區人民政府直屬的綜合性農業科研機構。全院現有17個研究所（中心）、10個試驗場站。截至2023年9月，在職職工931人，其中高級職稱524人（正高級236人，副高級288人），高級職稱占56.3%；有博士149人，碩士413人；研究生學歷占60.4%；40歲以下青年科技人員占62.3%。有中國工程院院士1名，國家級“百千萬人才工程”入選5名，“萬人計劃”科技創新領軍人才2名，國家級有突出貢獻優秀專家7名，享受國務院政府特殊津貼專家72名，自治區優秀專家51人次。有國家現代農業產業技術體系33人，自治區現代農業產業技術體系94人。
作為自治區農業科技的主力軍，新疆農業科學院緊緊圍繞自治區農業發展不同階段的科技需求，重點培育和構建了作物遺傳育種、作物栽培、農業生物技術、植物保護、應用農業微生物、農業資源與生態環境、農業工程與機械裝備、設施農業、農業經濟與農業系統工程、農業信息技術應用、農產品質量標準、農產品貯藏與加工等區域特色鮮明的重點學科。
建院以來，全院共取得各類科研成果1573項，獲獎成果634項，其中省部級二等獎以上獎勵265項，審（認）定新品種502個。這些品種和成果的大面積推廣應用，為推動我區農業高質量發展、保障糧食安全和重要農產品穩產保供、助力鄉村振興作出了重要貢獻。
全院建有國家、部委科技平臺50個、自治區科技平臺26個，中長期科研基地37個。全院各類平臺實驗室總面積1.22萬平方米，擁有科研儀器設備4152臺（件）、設備總金額1.99億元，用于試驗、示范、良繁的科研用地1.5萬畝。
